Родился в Северной Эстонии в небогатой дворянской семье. Досрочно окончил Морской кадетский корпус. В 1793–1799 годах служил волонтером на английских судах в Атлантическом и Индийском океанах, а также в Южно-Китайском море. По возвращении Крузенштерн дважды представлял проекты прямого торгового сообщения между российскими портами на Балтике и Аляске. В 1802 году был назначен начальником первой русской кругосветной экспедиции.
Летом 1803 года вышел из Кронштадта на двух шлюпах — «Надежда» (на борту находилась миссия в Японию во главе с Н. Резановым) и «Нева» (капитан Ю. Лисянский). Главная цель плавания — исследование устья Амура и прилегающих территорий для выявления удобных баз и маршрутов снабжения тихоокеанского флота. Суда обогнули мыс Горн (март 1804 года) и через три недели разошлись. Через год Крузенштерн на «Надежде», «закрыв» по пути мифические земли юго-восточнее Японии, прибыл в Петропавловск-Камчатский. Затем он доставил Н. Резанова в Нагасаки и, возвращаясь весной 1805 года в Петропавловск, описал северные и восточные берега залива Терпения. Летом продолжил съемочные работы, впервые заснял около 1000 километров восточного, северного и частично западного берега Сахалина, приняв его за полуостров. В конце лета 1806 года вернулся в Кронштадт
Настоящее имя адмирала и мореплавателя – Адам Иоганн фон Крузенштерн. Будущий исследователь и представитель старинного немецкого рода Крузенштерн был 7-м ребенком в семье. Мальчик появился на свет 19 ноября
1770 года. Его отец – судья Иоганн Фридрих фон Крузенштерн, а мать – Христина Фредерика фон Толь.